バイナリーVisualTree上で私のダウンの方が退会されてしまったようなのですが，この場合はさらにそのダウンで既についている方は変わらずに同じ組織となるのでしょうか？

はい、組織図上で紐づいている限り、あなたの組織上のメンバーとしてカウントされます。

下記の画像の例では、バイナリーVisualTree上でAさんの下にBさんがつき、さらにBさんの下にCさんがついている状況です。

仮に、Bさんが退会されたとしても、CさんはAさんのセーフティーネットマップ上の組織内メンバーとしてカウントされ続けます。この場合は、AさんにセーフティネットボーナスとしてCさん分の実績が反映されます。